Александр Трофимович Куняев родился 22 марта 1933 года в крестьянской семье, в селе Дюрки ныне Атяшевского района Республики Мордовия, по национальности мордвин-эрзя. В 1956 году окончил трёхгодичную сельскохозяйственную школу, получил специальность агронома, работал инспектором по закупкам сельскохозяйственного оборудования. С 1962 по 1982 гг. был председателем колхоза им. Калинина Атяшевского района. При Александре Трофимовиче хозяйство занимало лидирующие позиции в республике. В колхозе широко использовались новые технологии в животноводстве и растениеводстве. При колхозе успешно работала республиканская школа передового опыта. За высокие достижения колхоз под руководством Куняева был награждён орденом Ленина.
23 декабря 1976 года Президиум Верховного Совета СССР, за выдающиеся успехи, достигнутые на Всесоюзном социалистическом соревновании, проявленную трудовую доблесть в выполнении планов и социалистических обязательств по увеличению производства и продажи государству зерна и других сельскохозяйственных продуктов, присвоил Александру Трофимовичу Куняеву звание Героя Социалистического труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».
Александр Трофимович внёс значительный вклад в социально-экономическое и культурное развитие Атяшевского района. В 1982–1990 годах занимал должность первого секретаря Атяшевского райкома КПСС. С 1991 по 1993 г. возглавлял постоянную комиссию по экологии и рациональному использованию природных ресурсов Госсобрания Республики Мордовия.
Избирался Депутатом Верховного Совета СССР (1980 г.), Верховного Совета РСФСР 8-го созыва (1971–1975 гг.), Верховного Совета МАССР. Делегат 24 и 26 съездов КПСС. Награждён 3 орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции.
Александр Трофимович Куняев скончался 16 декабря 1993 года. Похоронен на кладбище села Дюрки.
П.В. Пронин, научный сотрудник отдела современной истории