Иван Николаевич Смирнов родился 7 (19) января 1856 г. в селе Арино Царёвококшайского уезда Казанской губернии. Его отец был сельским священником. Свой путь Иван Николаевич начал в Казанском духовном училище и Казанской духовной семинарии. В 1874 г. он успешно поступил в Казанский университет на историко-филологический факультет, который окончил в 1878 г. Защитил магистерскую (1881 г.) и докторскую (1885 г.) диссертации. Будучи доцентом кафедры всеобщей истории, работал вместе с прославленным русским писателем и историком-медиевистом Николаем Алексеевичем Осокиным. В ноябре 1886 г. Иван Николаевич Смирнов получил должность ординарного профессора.
Особое внимание в своей преподавательской деятельности И. Н. Смирнов уделял этнографической науке: он читал лекции по истории славян, а с 1888 г. им были организованы несколько этнографических экспедиций, целью которых было изучение коренных народов, проживающих в Поволжье, – мордвы, черемисов, вотяков и т. д. В разные годы экспедиции работали в Нижегородской, Казанской, Симбирской, Уфимской губерниях.
Одновременно с этим стоит отметить и большой вклад Ивана Николаевича в археологическую науку. Так, с 1892 г. археологической экспедицией под его руководством были начаты раскопки могильника у села Рыбкино Краснослободского уезда (ныне Ковылкинский район Республики Мордовия). 56 погребений мордвы-мокши, которые удалось изучить за время раскопок, были датированы XVII–XVIII вв. Важным этапом в археологическом и этнографическом изучении народов Поволжья стал фундаментальный труд И. Н. Смирнова «Мордва. Историко-этнографический очерк», опубликованный в Казани в 1895 г. Здесь были собраны и все известные на тот момент данные об археологических памятниках на обширной территории расселения мордвы. В работе также представлен большой этнографический, мифологический, лингвистический и исторический материал по данной теме.
И. Н. Смирнов ушёл из жизни 15 (28) мая 1904 г. в Казани, на 48 году, после продолжительной болезни. Однако его археологическое и этнографическое наследие живо, и сегодня он по праву считается одним из ведущих исследователей финно-угорской этнографической науки конца XIX в.
За всю жизнь И. Н. Смирновым было опубликовано свыше 60 научных трудов, самые значимые из которых: «Черемисы: историко-этнографический очерк» (1889 г.), «Вотяки» (1890 г.), «Пермяки» (1891 г.) и т. д. За свою выдающуюся деятельность и труды по этнографии в 1895 г. он был удостоен большой золотой медали по отделению этнографии Императорского Русского Географического Общества.